Trong điều kiện vừa phải sắp xếp, ổn định bộ máy tổ chức, tăng cường các nguồn lực, vừa phải xây dựng cơ chế, triển khai SXKD, xây dựng thương hiệu nhưng nhờ có sự quan tâm, chỉ đạo sâu sát của Huyện ủy, HĐND, UBND Huyện Thanh trì, sự giúp đỡ tạo điều kiện của các Sở, Ban, Ngành Thành phố cùng sự cố gắng nỗ lực của tập thể lãnh đạo và CBCNVLĐ, Công ty đã khắc phục mọi khó khăn ổn định sản xuất.

Việc đổi mới cơ chế, sắp xếp hợp nhất lại các doanh nghiệp của Thành phố theo Nghị quyết Trung ương kịp thời, đúng lúc là yếu tố quan trọng trong quá trình phát triển kinh tế đối với doanh nghiệp. Tháng 09/1999 Công ty KDPT Nhà Thanh Trì chính thức trở thành thành viên của Tổng Công ty Đầu tư và Phát triển Nhà Hà Nội và được đổi tên thành Công ty Kinh doanh Phát triển Nhà Hà Nội theo Quyết định số 2168 QĐ/UB ngày 18/04/2001 của UBND Thành phố, với các chức năng, nhiệm vụ chủ yếu:
• Đầu tư, quản lý và thực hiện các dự án đầu tư.
• Kinh doanh nhà đất, vật liệu xây dựng.
• Kinh doanh thương mại.
• Cho thuê nhà, văn phòng.
• Xây lắp nội, ngoại thất.

Từ đây sự chuyển mình và nhận thức đã rõ nét hơn, Công ty đã tự khẳng định được mình, sẵn sàng gánh vác và hoàn thành tốt những nhiệm vụ khó khăn,
phức tạp mà Tổng Công ty giao. Bên cạnh lĩnh vực xây lắp truyền thống, Công ty tập trung phát triển các khu Đô thị mới có quy mô, tạo ra sự đột phá trong sản xuất kinh doanh, tạo quỹ việc làm ổn định, lâu dài như: Dự án Đại Kim – Định Công; Dự án Mỹ Đình; Dự án Mễ Trì…

Do sản xuất kinh doanh phát triển vượt bậc, nên doanh thu, giá trị sản lượng luôn đạt từ 40 tỷ đến 100 tỷ đồng/năm. Doanh nghiệp từ xếp hạng IV lúc mới thành lập đã được nâng lên doanh nghiệp hạng I phù hợp với sự phát triển chung của Tổng Công ty và Công ty.

Để đáp ứng được yêu cầu sản xuất kinh doanh và thực hiện sự chỉ đạo của Tổng Công ty về đổi mới mô hình tổ chức, Công ty đã sắp xếp, kiện toàn lại cơ cấu tổ chức của Công ty theo mô hình: Công ty – Các Phòng, Ban Quản lý chức năng và các Xí nghiệp trực thuộc.